Los gobernantes mongoles le dieron gran autonomía secular a la escuela de Sa-skya del budismo tibetano. Durante tres siglos el Tíbet siguió siendo gobernado por dinastías seculares. En el siglo XVI, Altan Khan, de la tribu mongol de Turnet, le dio respaldo al gobierno religioso del Dalái Lama, siendo el budismo la religión predominante entre mongoles y tibetanos.
En 1907 se firmó un tratado entre Gran Bretaña, China y Rusia donde se le daba a China la soberanía sobre el Tíbet. En 1910 el poder central Qing ejerció por primera vez el gobierno directo sobre el Tíbet. Sin embargo, en 1911 el estallido de la guerra civil en China obligó a las tropas de este país estacionadas en el Tíbet a regresar a aquel país, oportunidad que aprovechó el Dalai Lama para restablecer su control sobre el Tíbet. En 1913 el Tíbet y Mongolia firmaron un acuerdo reconociendo su mutua independencia de China.
En 1914 se negoció un tratado entre China, Tíbet y Gran Bretaña denominado Convención de Simla. Durante esta convención los invasores británicos trataron de dividir al Tíbet en dos regiones, lo cual no prosperó. Sin embargo los representantes de Tíbet y de Gran Bretaña firmaron un acuerdo a espaldas de China, mediante el cual el Tíbet sería una región autónoma de China y los británicos se adjudicarían 90.000 kilómetros cuadrados de territorio tradicionalmente tibetano que corresponde al actual estado de Arunachal Pradesh. Después de declarada la independencia de India, esta nación consideró esta región como suya en función a la frontera establecida en el mencionado tratado. China, sin embargo, rechazó tal posición, indicando que dicho tratado no tenía ninguna validez ya que no fue firmado por ellos y el Tíbet no era una nación independiente, sino un protectorado de China. La disputa por esta región ocasionó la guerra entre China e India en 1962.
Durante los siguientes años, el Dalai Lama ha buscado el apoyo de la ONU, la cual emitió las resoluciones adoptadas por la Asamblea General de las Naciones Unidas en 1959, 1961 y 1965, solicitando a China que respetara los derechos humanos del pueblo tibetano y su deseo de autodeterminación. Para 1988, el Dalai Lama modificó sus demandas con la intención de llegar a un acuerdo y propuso la creación de un Tíbet democrático y con gobierno autónomo, en asociación con la República Popular de China.